Чтобы решить проблему качества передачи голоса подключил ILBC кодек. Ниже маленькая инструкция как это сделать на Ubuntu 9.04:
1) добавить в /etc/apt/sources.list:
deb http://ppa.launchpad.net/bojo42/ekiga/ubuntu jaunty main
2) sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 1901D523
3) sudo apt-get install libopal3.6.1-plugins-ilbc
4) в настройках Ekiga выбрать первым ILBC кодек.
Всё! Разговаривайте на здоровье.